Das elektrophoretische Laufverhalten von DNA und RNA in Gelen wird durch die Größe und Form der Moleküle bestimmt. Sowohl RNA wie auch DNA kann als einzel- und doppelsträngiges Molekül existieren. Die einzelsträngigen Moleküle haben ausgeprägte Sekundär- und Tertiärstrukturen. Daher sind Einzelstrangmoleküle am Besten in ihrer denaturierten Struktur zu trennen. Dies ist meistens relevant für ssDNA nach der Sequenzierung und für RNA, die mit Harnstoff, Methylquecksilberhydroxid, Formamid, Formaldehyd und einer Anzahl anderen Agenzien denaturiert werden können.
Agarose ist ein hochaufgereinigtes, natürlich vorkommendes Polysaccharid. Durch einfaches Erhitzen zum Lösen der Agarose im Puffer können Gele hergestellt werden. Die Agarose geliert beim Abkühlen. Wie bei Polyacrylamid ist die Porengröße des Agarosegels umgekehrt abhängig von der Agarosekonzentration. Die Poren sind viel größer als in Polyacrylamidgelen und sind daher gut geeignet für die Trennung von großen Nukleinsäure-Molekülen. Niedermolekulare Nukleinsäuren und Oligonukleotide werden aber aufgrund der kleineren Porengröße der Matrix durch Polyacrylamidgelelektrophorese (PAGE) getrennt.

Es sind verschiedene Agarosequalitäten optimiert für spezifische Applikationen erhältlich, z.B.:

• Agarose SERVA Wide Range für die Routine-DNA-Elektrophorese
• SERVA Clear G Agarose-Tabletten - schon mit Fluoreszenzfarbstoff, nur Wasser/Puffer zugeben und das Gel ist fertig
• Agarose SERVA 3:1 und Agarose für PCR für die hochauflösende Trennung von kleinen DNA- und RNA-Fragmenten
• Agarosen Low Melting für die einfache Wiedergewinnung von DNA-Fragmenten aus Agarose